Samux rayonu Azərbaycan Respublikası Ali Soveti Milli Şurasının 18 fevral 1992-ci il tarixli 72 saylı qərarı ilə mərkəzi Səfərəliyev şəhər tipli qəsəbəsi olmaqla keçmiş Səfərəliyev rayonunun ərazisində təşkil edilmişdir. Milli Şuranın 31 dekabr 1992-ci il tarixli qərarı ilə Səfərəliyev qəsəbəsinin adı dəyişdirilərək Nəbiağalı qəsəbəsi adlandırılmışdır. "Azərbaycan Respublikasının Samux rayonunun inzibati ərazi bölgüsündə qismən dəyişikliklər edilməsi haqqında" Azərbaycan Respublikasının 13 iyun 2008-ci il tarixli Qanunu ilə Nəbiağalı qəsəbəsi və Kolayır kəndi birləşdirilərək Samux qəsəbəsi adlandırılmış və Samux qəsəbəsinə şəhər statusu verilmişdir.
Səfərəliyev rayonu Azərbaycan SSR Ali Sovetinin 24 yanvar 1939-cu il tarixli 4 saylı qərarı ilə Kirovabad (hazırkı Gəncə) şəhərinin ərazisində yaradılmış, Azərbaycan SSR Ali Sovetinin 16 yanvar 1940-cı il tarixli 11 saylı qərarı ilə Kirovabad şəhər rayonlarının tərkibindən çıxarılaraq respublika rayonlarının tərkibinə daxil edilmişdir. 1948-ci ildən başlayaraq Mingəçevir Su Elektrik Stansiyasının tikintisi ilə bağlı ərazisinin çox hissəsi su altında qalmış, 1931-cu il 24 noyabrda yaradılmış keçmiş Samux rayonu Azərbaycan SSR Ali Sovetinin 28 yanvar 1954-cü il tarixli qərarı ilə ləğv edilərək Səfərəliyev rayonuna birləşdirilmişdir.
Azərbaycan SSR Ali Sovetinin 4 dekabr 1959-cu il tarixli qərarı ilə Səfərəliyev rayonu müstəqil rayon kimi ləğv edilərək Gəncə şəhərinə birləşdirilmişdir. 1963-cü ilin yanvar ayından etibarən keçmiş Səfərəliyev rayonunun ərazisi Xanlar (hazərda Göygöl rayonu) rayonunun tərkibinə daxil edilmişdir.
Samux mahalının adı, xarabalıqları Samux meşələrində hələ XX yüzilliyin başlanğıcında qalmaqda olan Samux şəhərinin adındandır. Bu şəhərin ərazisi Kürün hər iki sahilində Qazannı dağlarının ətəklərini Qanlı Qobu ilə Qabırrı vadisi arasında olan ərazini əhatə edirdi. Tədqiqatçıların əsərlərində Samux toponiminin alban sözü olub, meşəlik, ov yeri mənasını bildirdiyi əsaslandırılır. Digər mənbələrə görə Samux üç çayın (Kür, Qabırrı,Alazan) birləşdiyi yer mənasını bildirir.