2004-cü ilin sonunda Gəncə şəhərinin baş meydanında Azərbaycan xalqının ümummilli lideri, görkəmli siyasi dövlət xadimi Heydər Əliyevin xatirəsinə həsr olunmuş muzeyinin inşasına başlanılmış, 2005-ci ilin iyun ayının 13-də Heydər Əliyevin Xatirə Muzeyinin açılış mərasimi olmuşdur.

Azərbaycan Respublikasının Mədəniyyət və Turizm Nazirliyinin qərarına əsasən 2012-ci ildən Respublika üzrə bütün Heydər Əliyev Xatirə Muzeyləri Heydər Əliyev Mərkəzi adlandırılmışdır.

Gəncə şəhəri Heydər Əliyev Park-Kompleksində yerləşən Heydər Əliyev Mərkəzi 21 yanvar 2014-cu ildə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti cənab İlham Əliyevin iştirakı ilə istifadəyə verilmişdir.

Heydər Əliyev Mərkəzində ümummilli liderin 1969-cu ildən Azərbaycana siyasi rəhbərlik etdiyi illərdən, 1980-ci illərdə Moskvada fəaliyyətindən, 1993-cü ildən ömrünün sonuna kimi həyatından bəhs edən foto stendlərlər vardır. 3 mərtəbədən və zirzəmidən ibarət möhtəşəm binanın qarşısında ulu öndərin abidəsi qoyulmuşdur.