Gəncənin bir şəhər kimi formalaşması haqqında müxtəlif tarixi fərziyələr mövcuddur. Bəzi alimlər şəhərin yaranmasını e.ə., əksəriyyəti isə orta əsrlərin başlanğıcına aid edirlər. Şəhərin tarixi haqqında danışarkən bu şəhərin sosial-iqtisadi və mədəniyyət mərkəzi olduğunu qeyd etməmək mümkün deyil. Gəncə də ölkəmizin digər şəhərləri (Qəbələ, Naxçıvan, Şəki, Şamaxı) kimi gözəl coğrafi mənzərəyə sahib olan yaşayış məskəni olub tədricən şəhər kimi formalaşmışdır. VII əsrin birinci yarısında Gəncə İranlılar tərəfindən, ikinci yarısında isə Ərəblər tərəfindən dağıdılmışdır. VII əsrin axırlarında isə Gəncə Ərəblərlə Xəzərlərin döyüş meydanına çevrilmişdir. Azərbaycanın ərazisi aramsız olaraq bir birinin ardınca olan hücumlara məruz qalmış və əlbəttə ki, bunun bariz nəticəsi olaraq Gəncə şəhəri də bu basğınlardan ziyan görmüş və dağıntılara məruz qalmışdır. Aran xanlığının mərkəzi olan Bərdədən sonra Gəncə beynəlxalq ticarətdə mühüm rollardan birini oynamış və karvanların tez-tez keçdiyi və qaldığı yerlərdən biri olmuşdur.
O zamanlarda pul vahidi olaraq Ərəb dinarları və dirhəmlər istifadə edilirdi. X əsrdən, Bərdənin paytaxt statusunu itirdiyi dövrdən etibarən Gəncə şəhəri ölkənin sosial-iqtisadi və mədəni həyatında vacib rol oynamağa başladı. Şəhərin həyatında ticarət və incəsənət vacib faktorlardan birinə çevrildi. Burda incəsənətin inkişafı üçün hər cür şərait mövcud idi. Dəmir, mis, alüminium və digər mədənlər Gəncə şəhərinin ətrafında fəaliyyət göstərir və yerli sənətkarları xammalla təchiz edirdilər. Gəncə paytaxt olma yolunda xüsusi diqqəti hərbi qüvvəsinin qücləndirilməsinə yönəltmişdi. Həmçinin bu dövrdə qala divarları tikilmiş və onun ətrafında xəndək qazılaraq şəhərin mühafizəsi gücləndirilmişdi. IX-X əsrlərdə Ərəb xəlifətinin zəiflədiyi bir dövrdə Azərbaycanda Şirvanşahlar, Şəddadilər, Salarilər və Rəvvadilər müstəqil feodal dövlətləri yaranmağa başladı. X əsrin ortalarında Gəncə şəhəri Salarılərin hakimiyyəti altında olmuşdur. Daha sonra isə Şəddadilərin paytaxt şəhəri olmuşdur. I Fəzlunun (895-1030) hökmranlığı dövründə Gəncə ən güclü dövrlərini yaşamışdır.
Şəddadilər dövründə qala, saraylar, körpülər və karvansaraylar inşa edilmiş və burda pul kəsilməyə başlanmışdır. Şəhəri əhatə edən yeni və daha davamlı qala inşa edildi. 1063-cü ildə dəmirçi İbrahim məşhur Gəncə darvazalarını tikdi. Gəncənin geniş bir mərkəzə çevrildiyi bir dövrdə onun ərazisi də həmçinin böyüyərək genişləndi. Yeni ticari və sənaye zonaları tikilməyə başladı. İpək və ipək məmulatları nəinki yerli, həmçinin xarici alıcıların da rəğbətini qazandı. Gəncə həm də dini mərkəz sayıla bilərdi. Belə ki, Alban katolikosu mərkəzi Bərdədən Gəncəyə köçmüşdü. Qətran Təbrizi o dövrləri belə qələmə almışdı: "İndi Gəncə sanki Cənnəti xatırladır". XI əsrin ortalarında Azərbaycan Səlcuqların işğalına məruz qalmışdı. Təbrizi tutduqdan sonra I Toğrul (1038-1068) 1054- cü ildə qoşunlarını Gəncə istiqamətində hərəkət elətdirdi. Gəncə hakimi Şavir I Toğrulun vassalı olmağa öz razılığını verdi. Şavir I Toğrula bahalı hədiyyə verərək onun şərəfinə xütbə oxutdurdu.
Səlcuqların aramsız basqınları XI əsrin ortalarında Şəddadi hökmdarı III Fəzlunu göstərilən müqavimətin yetərsiz olduğunu görərək gec də olsa təslim olmağa qərar verdi və münasib bir şəraiti gözləyərək yenidən hakimiyyətə gəldi. 1086-cı ildə Səlcuq hökmdarı Məlik şah (1072-1092) öz ordu başçısını, Bugayı Gəncəyə göndərdi. Yerli camaatın güclü müqavimətinə baxmayaraq Səlcuqlar şəhərin zəbtinə nail oldular. Döyüşdə Gəncə hökmdarı III Fəzlunu əsir götürdülər və bununla da 100 ildən artıq hakimiyyətdə olan Şəddadilər sülaləsinin hökmranlığına son verildi. Məlik şah Gəncə hakimi kimi öz oğlu olan Qiyas əd-din Taparı təyin etdi. Qiyas əd-din Məhəmməd Tapar (1105-1117) sultan seçildikdən sonra belə Gəncənin Səlcuq hökmdarı olaraq qaldı.
XII əsrin birinci yarısında Gəncə bir neçə dəfə Gürcü basqınlarına məruz qalmış, buna cavab olaraq Səlcuq ordusu Gürcüstana güclə soxularaq oraları talan etmişdir. Gəncə Səlcuq Türklərinə məğlub olana, yəni XI əsrə qədər Qafqaz Alban xristianlığının mərkəzi olmuşdur. 1139-cu ildə zəlzələ nəticəsində V əsrdə yaranmış orjinal şəhər dağılmış və XII əsrdə əvvəlkindən bir az şərqdə yenidən tikilmişdir. Əsas karvan yollarının üzərində yerləşməsi bu şəhəri vacib ticarət mərkəzlərindən birinə çevirmiş, lakin 1231-ci ildə Monqol basqınına məruz qalaraq yenidən dağıdılmışdı. XV əsrdə Gəncə Qaraqoyunlu dövlətinin tərkibinə daxil edilmişdir.
XVI əsrdə isə şəhər Səfəvilər tərəfindən zəbt edilmişdi. 1606-cı ildən 1804-cü ildə Rusiya İmperiyasına birləşdiyi dövrə qədər Gəncə İran imperiyasının tərkibində xanlıq mərkəzi olmuşdur. 1826-cı ildə Rus qoşunları İran qüvvələrini məğlubiyyətə düçar edərək onları burdan sıxışdırıb çıxarmışlar. Çoxlu sayıda erməni, rus, alman köçkünləri burada yerləşdirilmiş. Gəncə şəhəri qısa bir zaman müddətinə 1918-ci ildə yaradılmış müstəqil Azərbaycanın paytaxtı olmuşdur. Tarixdəki dəyişikliklər həmçinin şəhərin adına da təsir etmişdir. "Gəncə" toponimi dərmanla əlaqədar olmayıb, kökünü "Gəncək" tayfalarından götürür. Şəhər 1804-cü ildən 1918-ci ilə qədər Çar I Aleksandrın arvadının adıyla (Yelizavetpol) adlandırılıb. Gəncə əvvəlki adını 1935-ci ilədək yenidən bərpa emiş və 1935-ci ildə Kirovabad adlandırılmışdır. Daha sonra 1989-cu ildə bu ad yenidən qaytarılmış və indiyədək də şəhər Gəncə adını daşıyır.